Un problema frecuente en las piscinas es la aparición de algas, que modifican el color del agua a un verde claro u oscuro poco agradable. Las algas también pueden aparecer en zonas localizadas, como pueden ser las escaleras, rincones o similar de forma visible o bien haciendo que el fondo o las paredes sean resbaladizos.
Cuando aparecen algas es conveniente ajustar primero el nivel de pH a 7 con el producto químico apropiado, luego debemos cepillar las algas visibles o allá donde notemos la superficie resbaladiza, aplicaremos un tratamiento de choque con su desinfectante habitual, siempre que el revestimiento no sea de PVC o liners podemos aplicar cloro granulado directamente.
Opcionalmente podemos emplear floculante para obtener mejores resultados y posteriormente nos debemos asegurar de lavar bien el filtro para evitar la proliferación de bacterias o el regreso de algas a la piscina.